CBMA

Main scientific interests

Biodiversity of soil nematofauna.
Soil free-living and plant-parasitic nematodes characterization and ecology. Search for sustainable solutions for soil and food quality - developing new tools as alternative strategies for managing and control of plant-parasitic nematodes.

Current work

Our first aim concerns to biological and ecological diversity (in a morphologial and molecular basis) of populations and species of soil nematodes. Particular attention is directed to family Trichodoridae, which includes virus vector species. Searching for trichodorid nematodes is of most interest as they affect economical important plants and crops in EU and wide world. Past and current research has been showing that Portugal and Spain seem to be a speciation centre for a group of these nematodes. Phylogenetic clarification of this special group of criptic species occurring in the Iberian Peninsula is one of our goals.

The use of nematodes as biological indicators of soil quality based on their different trophic groups is useful and we are interested on molecular data which may be a more powerful tool.

Another research topic of current interest for our group is the assessment of the quality of agroecossystems, particularly those where organic farming is conducted. Nematotoxic action of aromatic and medicinal plants has been searched to be used as a potential environmental clean control alternative to the use of chemical pesticides. Besides this, organic/ vs conventional farming systems has being evaluated for some regional vegetable cultivars, based on a soil nematological approach.

Research on root-knot nematodes has been also conducted in order to know the reaction of different plant cultivars to these nematodes, and evaluate their potential use in grafting.

Research on the plant-parasitic nematodes associated to the most economically important cultures in northern Portugal is being planed.

Knowledge transfer/ Science communication to schools and public in general

“Life in the soil” is a permanent project using soil nematodes as one of the most suitable organisms aiming communicating, promoting and disseminating Science in schools, and exhibitions or visits to the university. In just a small amount of soil we can find thousands of nematodes and use them to show the importance of maintenance of soil biodiversity and biosustainability and come up with a large range of interesting and pertinent environmental questions.

Decraemer, W., Palomares-Rius, J.E., Cantalapedra-Navarrete, C., Landa, B.B., Duarte, I,. Almeida, T., Vovlas, N. & Castillo, P. 2013. Seven new species of Trichodorus (Diphtherophorina, Trichodoridae) from Spain, an apparent centre of speciation. Nematology 15: 57-100.

Duarte, I.M., Almeida, M.T.M., Duarte, M.M., Brown, D.J.F. & Neilson, R. 2011. Molecular diagnosis of trichodorid species from Portugal. Plant Pathology 60: 586-594.

Duarte, I.M., Almeida, M.T.M. de, Brown, D.J.F., Marques, I., Neilson, R. & Decraemer, W. 2010. Phylogenetic relationships, based on SSU rDNA sequences, among the didelphic genera of the family Trichodoridae from Portugal. Nematology 12: 171-180.

Almeida, M.T.M. de, Santos, M.S.N. de A, Abrantes, I.M. de O. & Decraemer, W. 2005. Paratrichodorus divergens sp. n., a new potential virus vector of tobacco rattle virus and additional observations on P. hispanus Roca & Arias, 1986 from Portugal (Nematoda: Trichodoridae). Nematology 7: 343-361.

Almeida, M.T.S.C.M. & Decraemer, W. Trichodoridae, família de nematóides vetores de vírus. In: Revisão Anual de Patologia de Plantas. Vol. 13. (Ed. Luz, W.C. da, Fernandes, J.M., Prestes, A.M. & Picini, A.C. Passo Fundo, R.S., Brasil. 2005: 115-190.

Organisation of international conference

Chair of the Local Organizing Committee of the 32nd Symposium of the European Society of Nematologists (ESN), held at University of Minho, Braga, Portugal (28 Aug-1 Sep 2016) by the Biodiversity laboratory of the Center of Molecular and Environmental Biology (CBMA) of University of Minho together with the Nematology laboratory of the Center of Functional Ecology (CEF) of the Department of Life Sciences, FCT, University of Coimbra, in collaboration with the Governing Board of the ESN.

EcoAgriFood (2016-2019): Innovative green products and processes to promote Agri-Food BioEconomy. Projecto Estruturado (Norte 2020-01-0145 FEDER 000 009), coordenado pela Universidade do Minho.

RESCOE - Avaliação do Risco e Sustentabilidade Ecológica de Sobreiros em Ecossistemas de Montado. Financiado pela FCT (PTDC/BIA-BEC/102834/2008), sob a responsabilidade da Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade de Coimbra (FCT/UC). Concluído em 2013 (Team member)

HypericumBiotec - Novos bio-produtos e tecnologias para valorização de espécies de Hypericum. Financiado pela FCT (PTDC/AGR-AAM/70418/2006), concluído em 2012. (Team member)

Recuperar o passado, registar o presente e preparar o futuro das colecções zoológicas em Portugal. Financiado pela FCT (PTDC/AGR-AAM/70418/2006), em colaboração com a  Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, concluído em 2011. (Team member)

Brown, N.A., Goinski, A.B., Reis, T.F. dos, Menino, J., Almeida, M.T., Rodrigues, F. & Goldman, G.H. 2015. The Aspergillus nidulans signalling mucin Msb2 regulates starvation responses, adhesion and cellulase activity in response to environmental cues. Molecular Microbiology 94 (5): 1103-1120.

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Decraemer, W., Palomares-Rius, J.E., Cantalapedra-Navarrete, C., Landa, B.B., Duarte, I,. Almeida, T., Vovlas, N. & Castillo, P.? 2012. Seven new species of Trichodorus (Diphtherophorina, Trichodoridae) from Spain, an apparente centre of speciation. Nematology: 1-44.

Duarte, I.M., Almeida, M.T.M., Duarte, M.M., Brown, D.J.F. & Neilson, R.? 2011. Molecular diagnosis of trichodorid species from Portugal. Plant Pathology 60: 586-594.

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Teixeira, A., Almeida, M.T. & Costa, S. (2016). Nematode communities associated with crops in organic and conventional farms. 32^nd Symposium of the European Society of Nematologists 28 ag -1 set., Braga, Portugal: 310.

Pires, D., Costa, S., Mourão, I & Almeida, M.T. (2016). Avaliação da resistência de cultivares de feijoeiro (Phaseolus spp.) a Meloidogyne javanica, para uso como porta-enxerto. Actas Portuguesas de Horticultura, Faro, Portugal. 25: 126-132.

Teixeira, A., Almeida, M.T. & Costa, S. (2016). Estudo comparativo das comunidades de nemátodes em horticultura biológica e convencional. Actas Portuguesas de Horticultura. Faro, Portugal.  25: 120-125.

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Decraemer, W., Palomares-Rius, J.E., Cantalapiedra­ Navarrete, C., Landa, B.B., Duarte, I., Almeida, T., Vovlas, N. & Castillo, P. (2012). Integrative approach in identification of cryptic species of the virus vector family Trichodoridae (Nematoda) from the Iberian Peninsula, an apparent centre of speciation. Third European Conference for the Barcode of Life, September, Brussels, Belgium. 

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Duarte, I.M., Belchior, A. & Almeida, M.T. (2011). Potato production impacts of the association trichodorids and TRV in naturally infected fields. Proceedings of "The 2011 CIGR International Symposium on Sustainable Bioproduction - Water, Energy, and Food, Edogawa, Tóquio, Japão, 10-23 Setembro, 8 pp.

Duarte, J. & Almeida, M.T. (2011). Comunidade de nemátodes do solo associada a Brassica rapa, em regime de agricultura biológica. Actas Portuguesas de Horticultura, Braga, Portugal. 17: 98-103.

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T. Pavlicek, Cardet, P., Almeida, M.T., Pascoal, C. & Cássio, F. Eds.(2014). Advances in Earthworm Taxonomy VI (Annelida: Oligochaeta). - Proceedings of the 6th International Oligochaete Taxonomy Meeting, Palmeira de Faro, Portugal. Kasparek Verlag, Heidelberg (Germany). 188 pp.

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Decraemer, W. & Almeida, M.T.M. de (1997). Identification of Trichodorus/ Paratrichodorus species (Diphtherophorina). In: An Introduction to Virus Vector Nematodes and their Associated Viruses (Eds. Santos, M.S.N. de A., Abrantes, I.M. de O., Brown, D.J.F. e Lemos, R.M.). pp. 223-272. Instituto do Ambiente e Vida, Universidade de Coimbra, Portugal.

- Paiva, S., Dias, A., Carvalho, A., Cunha, A., Pinheiro, A., I., Gonçalves, A. M., Silva, C., Coutinho, E., Cunha, L., Araújo M., C., Almeida, M. T., Simões, P., P., Baptista, R., Vaz, E. 2014. Universidade e Escolas Secundárias em rede: Projeto “A minha Escola de Ciências”. SciCom Pt 2014 ­ Congresso de Comunicação de Ciência. 3 e 4 de Junho, Porto, Portugal.

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- Aguiar, C.A., Almeida, M.J., Almeida, M.T., Gomes, A., Paiva, S. Biocientistas de Palmo e Meio at the Biology Departmente of University of Minho. SciCom Pt 2013 ­ Congresso de Comunicação de Ciência. Lisboa, Portugal. 2013. 

- Almeida, M.T.S.C.M. de. 1993. Caracterização e ecologia de populações portuguesas de Trichodorus spp. e Paratrichodorus spp. (Nematoda: Trichodoridae). Braga, Ph.D. Thesis, Universidade do Minho, Portugal, xxi+567 pp.

- Abrantes, I.M. de O. & Santos, M.S.N. de A., Almeida, M.T.M. & Vovlas, N. 1998. Revista de Ciências Agrárias  Nemátodes fitoparasitas associados à oliveira, em Portugal. 21 (1-4): 279-285. 

Teixeira, A., Almeida, M.T. &  Costa, S. Estudo comparativo das comunidades de nemátodes em horticultura biológica e convencional. IV Colóquio Nacional de Horticultura Biológica. 17-19 Mar, Faro, Portugal. 2016. (oral comm.)

Pires, D., Costa, S., Mourão, I. &  Almeida M.T. Avaliação da resistência de cultivares de feijoeiro (Phaseolus spp.) a Meloidogyne javanica, para uso como porta-enxerto. IV Colóquio Nacional de Horticultura Biológica. 17-19 Mar, Faro, Portugal. 2016. (poster comm.)

Pires, D., Costa, S.R., Mourão, I.M. & Almeida, M.T. Host reaction of bean cultivars to the root-knot nematode Meloidogyne javanica. Final COST Conference on Vegetable Grafting: vegetable grafting to improve yield and fruit quality under biotic and abiotic stress conditions. Pula, Croatia, 19-21 set.2016. (oral comm.)

Duarte, I. & Almeida, M.T. Potato production impacts of the association trichodorids and TRV in naturally infected fields. Tokyo, Japão. 2011.

Costa, S.R., Martins, A.F., Arosa, M.L., Freitas, H., Almeida, M.T.M., Maleita, C.M.N. & Abrantes, I. Nematodes associated with cork oak, Quercus suber, in Montado ecosystems. XLIII ONTA Annual Meeting Abstracts Book. 2011: 129.

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Duarte, I.M., Almeida, M.T.M. & Belchior, A. Effects of trichodorids and TRV on potato growth and yield. XLIII ONTA Annual Meeting Abstracts Book. 2011: 109.

Decraemer, W., Palomares-Rius, J.E., Cantalapiedra, C., Landa, B.B., Duarte, I., Almeida, T., Vovlas, N. & Castillo, P. Study of the virus vector genus TrichodorusDiphtherophorina, Trichodoridae) from the Iberian Peninsula, an apparent centre of speciation. The Society of Nematologists 50^th Anniversary Meeting. Corvallis, Oregan, USA. 17-20 July, 2011.

Decraemer, W., Palomares-Rius, J.E., Cantalapiedra, C., Landa, B.B., Duarte, I., Almeida, T., Vovlas, N. & Castillo, P. Integrative taxonomic study of the virus vector family Trichodoridae from the Iberian Peninsula, an apparent centre of speciation. 20^thNematology Symposium of the NSSA, Stellenbosch, South Africa. 16-18 May, 2011.

Costa, S.R., Freitas, H., Abrantes, I.M.O., Cravador, A. and Almeida, M.T.M. Risk Assessment and Ecological Sustainability of Cork Oak in Montado Ecosystems. ESN Congress Vienna, Austria, 19-23 Sept. 2010.

Duarte, I.M., Duarte, M.M. & Almeida, M.T. A method to discriminate species of virus vector trichodorid nematodes exploring 18S rDNA region. ECBOL 2 – 2^nd Conference of the European Consortium for the Barcode of Life, Braga, Portugal. 2010: 84.

Guedes, A., Luques, R., Ferreira, P., Almeida, M.T. & Fernandes-Ferreira, M. Essencial oil components of Hypericum androsaemum infusions and their nematotoxic effects against Meloidogyne javanica (Treub) Chitwood. 8^th Phytochemical Society of Europe (PSE) Meeting on Biopesticides and 2^nd RSEQ – Grupo Especializado de Química de Productos Naturales (RSEQ – GEQPN) Congress, La Palma, Canary Islands, Espanha. 2009: 34.

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López-Pérez, J.A., Almeida, M.T., Arias, M. & Bello, A. Biogeographical characterisation of Trichodoridae in the Iberian Peninsula. “Fourth International Congress of Nematology”. Tenerife, I. Canárias, Espanha, 2002: 268-269.

Duarte, I.M., Almeida, M.T.M. & Brown, D.J.F. Tobacco ratttle tobravirus and its associated vector trichodorid nematodes in Portugal. “Fourth International Congress of Nematology”. Tenerife, I. Canárias, Espanha, 2002: 264-265.

Duarte, I.M., Almeida, M.T.M. & Brown, D.J.F. Occurrence of Tobacco ratttle virus and its associated vector trichodorid nematodes in Portugal. “11th Congress of the Mediterranean Phytopathological Union”. Évora, 2001: 329-331.

Abrantes, I.M. de O., Santos, M.S.N. de A., Almeida, M.T.M. & Volvlas, N.Nemátodes Fitoparasitas associados à oliveira, em Portugal. I Simpósio Nacional de Olivicultura. Bragança, 1998.

Almeida, M.T.M., Brown, D.J.F., Abrantes, I. M. de O. & Santos, M.S.N. de A. Characterization of two Paratrichodorus species. ESN 24th International Nematology Symposium. Dundee, Escócia, 1998.

Almeida, M.T.M. & Santos, M.S.N. de A. Studies on Trichodorus and  Paratrichodorus species. ESN 21st International Nematology Symposium. Albufeira, 1992.

— POST-DOC

Sofia dos Santos da Rocha Costa, Post-Doc

"Sustainable strategies for root-knot nematode control in agroecosystems"

(Co-orientação - CBMA, UMinho) - (started, 2015)

— Ph.D THESIS

Isabel Maria Nunes da Rosa Dias Duarte, Ph.D Thesis

"Tobravirus-plant-trichodorid nematode interactions: an integrated approach for crop protection". (concluded)

— MASTER THESIS

- Mário Rui Teixeira Maia da Silva, MSc Thesis

" Comunidades de nemátodes associadas a Quercus suber L. em declínio"

Mestrado em Engenharia Agronómica, UTAD. / (Co-orientação) CBMA, UMinho. (ongoing)

- Ana Rita Gomes Gonçalves,MSc Thesis

"Prospecção e identificação de espécies de Meloidogyne em agroecossistemas na Região do Minho"

Mestrado em Ecologia, (Co-orientação) CBMA, UMinho. (ongoing)

- Andreia Sofia Eusébio Teixeira, MSc Thesis
"Comunidade de nemátodes associada à agricultura convencional e em modo biológico"
- Mestrado em Ecologia, (Co-orientação) CBMA, UMinho. (2016)

- David Vila Pires, MSc Thesis
"Avaliação da resistência de cultivares de feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris) a Meloidogyne javanica"
- Mestrado em Ecologia, (Co-orientação) CBMA, UMinho . (2016)

- Cláudia Isabel Couto Arantes Vieira da Silva, MSc Thesis
“Acção de espécies de plantas aromáticas e medicinais sobre Meloidogyne
javanica (nemátode-das-galhas-radiculares)”
- Mestrado em Biologia Molecular, Biotecnologia e Bioempreendedorismo em Plantas, da Universidade do Minho. (2012)

- Joana Oliveira Duarte, MSc Thesis
“Toxicidade de produtos fitofarmacêuticos e metais sobre uma comunidades de nemátodes do solo”
- Mestrado em Ecologia, da Escola de Ciências da Universidade do Minho. (2011)

- Renatha Pompêo Luques, MSc Thesis
“Acção de Hypericum spp. sobre Meloidogyne javanica (nemátode-das-galhas-radiculares) e Bursaphelenchus xylophilus (nemátode-da-madeira-do-pinheiro)”
- Mestrado em Biotecnologia e Bio-Empreende-dorismo em Plantas Aromáticas e Medicinais da Universidade do Minho. (2008)

Maria da Conceição Pereira Ribeiro Queirós, MSc Thesis
“Estudo da distribuição e ecologia de populações de Paratrichodorus spp. e Trichodorus sp. (Nematoda: Trichodoridae) num agro-ecossistema”
- Mestrado em Ciências do Ambiente - Ecologia, da Universidade do Minho. (1997)

— UNDERGRADUATION THESIS

- Bruno Duarte Lourenço Oliveira. Projecto final de Estágio, da Licenciatura em Biologia Aplicada. UMinho, Julho 2015.

- Diana Filipa Pereira da Silva. Projecto final de Estágio, da Licenciatura em Biologia Aplicada. UMinho, Julho 2015.

 - José Miguel Oliveira Fernandes Teixeira. Projecto final de Estágio, da Licenciatura em Biologia Aplicada. UMinho, Julho 2015.

 - Mário Rui Teixeira Maia da Silva. Projecto final de Estágio, da Licenciatura em Biologia Aplicada. UMinho, Julho de 2015.

- Débora Daniela Fernandes Vieira. Projecto final de Estágio, da Licenciatura em Ciências do Ambiente. UMinho, Setembro 2015.

- Vera Sandra Araújo da Costa. Projecto final de Estágio, da Licenciatura em Ciências do Ambiente. UMinho, Outubro 2015.

- Pedro Filipe Oliveira da Silva- "Nemátodes parasitas das plantas associados à cultura da cerejeira". Projecto final de Estágio, da Licenciatura em Biologia Aplicada. UMinho, Julho 2014.

- Luís Miguel Santos Lobarinhas Campos - "Nematofauna associada aos solos ultrabásicos do Sítio de Morais, local com características geológicas únicas e condições ecológicas extremas". Projecto final de Estágio, da Licenciatura em Biologia Aplicada. UMinho, Julho 2014.

- Sara Daniela Pimentel Guimarães - “Controlo de nemátodes parasitas das plantas, em ambiente de estufa". Projecto final de Estágio, da Licenciatura em Biologia Aplicada. UMinho, Julho 2014.

- Ana Isabel Fernandes Sousa - "Ilustração científica, uma forma de comunicar ciência" (co-supervisora). Projecto final de Estágio, da Licenciatura em Biologia Aplicada. UMinho, Julho 2014.

- Fabiana Catarina Brito Gomes – “Nematofauna associada a diversas plantas, nomeadamente plantas aromáticas, num local onde é praticada agricultura biológica”. UMinho, Julho 2013.

- Daopakayvanh Khottavong – Diversity of nematode trophic groups in a field under organic farming”. aluna pelo programa Erasmus Mundus – Laos. UMinho, Julho 2013.

- Ana Filipa Carvalho Machado da Silva – “Nematofauna associada a hortas comunitárias da Universidade do Minho, no campus de Gualtar – UMinho in transition”. UMinho, Julho 2013.

- Ana Isabel Freitas Oliveira – “Nemátodes fitoparasitas associados a Quercus suber em Portugal”. Projecto da Licenciatura em Biologia Aplicada. UMinho, Julho de 2011.

- Juan Alfonso Roman Becerra – “Control de nematodos fitoparasitos en “Olea europaea” en el contexto de Espana y del mundo”; aluno ERASMUS – 3º ano. Projecto da Licenciatura em Biologia e Geologia. UMinho, Julho 2011.

- Marcos Gutiérrez Gómez – “Control de nematodos fitoparásitos”; aluno ERASMUS – 3º ano. Projecto da Licenciatura em Biologia e Geologia. UMinho, Julho de 2011.

- Sofia Carvalho Lobarinhas de Miranda – “Caracterização morfológica de nemátodes vectores de vírus de uma população mista de Trichodorus spp., do norte de Portugal”. Projecto da Licenciatura em Biologia e Geologia. UMinho, Julho 2011.

- Jorge Nuno Martins Campos Pinheiro – “Utilização da microscopia confocal no estudo de nemátodes vectores de vírus, do género Trichodorus (Nematoda: Trichodoridae)”. Projecto da Licenciatura em Biologia Aplicada. UMinho, Julho 2009.

- Ester Maria da Silva Gomes – “Nemátodes da família Trichodoridae, vectores de tobravírus, associados à cultura da cerejeira, em Portugal”. Projecto da Licenciatura em Biologia Aplicada. UMinho, Julho 2009.

- José Pedro Salgado Guimarães da Silva – Nemátodes vectores de vírus: “Transmissão de Tobacco rattle virus (TRV) por Paratrichodorus porosus”. Estágio de fim de curso da Licenciatura em Biologia Aplicada. UMinho, Dezembro 2008.

- Janaína Solange Lisboa Gonçalves - “Nemátodes marinhos da costa atlântica portuguesa na zona de Esposende”. Projecto da Licenciatura em Biologia Aplicada. UMinho, Dezembro 2008.

- Nuno Miguel Peixoto da Costa Teixeira “Estudo da macrofauna associada a ambientes arenosos grosseiros infralitorais”, Projecto da Licenciatura em Biologia Aplicada. UMinho, Dezembro 2008.

- Virgínia Andreia Ferreira Murça Duro - “Importância do Mosteiro de S. Martinho de Tibães na conservação de morcegos”, Projecto da Licenciatura em Biologia e Geologia. UMinho, Julho 2008.

- Frederico Simão Hintze de Oliveira – “Morcegos no Mosteiro de Tibães: identificação por detecção e análise acústica”. Projecto da Licenciatura em Biologia e Geologia. Julho 2008. 

- Helga Sofia Machado Mendes Leal - “As comunidades infralapidícolas do litoral de Viana do Castelo”. Projecto da Licenciatura em Biologia e Geologia. UMinho, Julho 2008.

- Andreia Alexandra Neves de Carvalho - “Estudo de parceiros moleculares da proteína de C. elegans envolvida na doença de Machado-Joseph, ATX-3”. Estágio de fim de curso da Licenciatura em Biologia Aplicada. UMinho, Dezembro 2007. (coordenadora institucional).

- Janaína Solange Lisboa Gonçalves. “Nemátodes marinhos da costa atlântica portuguesa na zona de Esposende”. Projecto da Licenciatura em Biologia Aplicada. UMinho, Dezembro 2008.

- José Pedro Salgado Guimarães da Silva. “Transmissão do vírus TRV por Paratrichodorus porosus”. Estágio científico da Licenciatura em Biologia Aplicada. UMinho, Dezembro 2008.

- Laura C. Castro Silva. “Paratrichodorus porosus, um nemátode vector de virus, em Portugal". Estágio científico da Licenciatura em Biologia Aplicada. UMinho, Dezembro 2006.

- Catarina Barros Afonso. “The role of soil-borne biota on the competitive ability of the invasive plant Tragopogon dubius Scop.”. Estágio da Licenciatura em Biologia Aplicada, ao abrigo do programa ERASMUS, realizado na Universidade de Wageningen, Holanda. UMinho, 2006. (Local supervisor)

- Maria Sara Meireles Garrido Gonçalves Ferreira. “Induced responses in Arabidopsis thaliana”. Estágio da Licenciatura em Biologia Aplicada, ao abrigo do programa ERASMUS, realizado na Universidade de Leiden, Holanda. UMinho, 2006. (Local supervisor)